El PIEB consideró como una de sus prioridades el fortalecimiento de las instituciones a favor de la sostenibilidad de la investigación. En esa línea asumió como política la transferencia de activos adquiridos por los equipos durante el proceso de investigación, para apoyar el trabajo de universidades públicas, organizaciones de desarrollo y del Estado en todo el país. Esta decisión favoreció, hasta el 2004, a 58 instituciones, principalmente del ámbito universitario.

Paralelamente, implementó el Programa de Apoyo a la Información en Ciencias Sociales, a través del cual se desarrollaron actividades con centros de documentación, como respaldo indispensable para la investigación. Un total de 27 unidades informativas en todo el país, entre las que figuran las principales de Bolivia, ganaron un concurso para recibir el apoyo del PIEB, lo cual consistió en recursos para compra de software y hadware , inaugurar nuevos servicios especializados: catálogo en línea, estantería abierta, préstamos interbibliotecarios, convenios con tesistas, internet, y, mejorar, en algunos casos crear, instrumentos de difusión y de información selectiva. El PAICS también favoreció a cinco redes: Red Local de Información Socioeconómica de La Paz (RELISE), Red de Documentación de Cochabamba (REDOC) Red de Información y Documentación Social de Chuquisaca (REIDES), Red de Documentación en Ciencias Biológicas y Sociales de Santa Cruz (DCBC ) Red de Documentación Etnológica Boliviana (REDETBO), además de que promovió y fortaleció tres redes temáticas: Económica: CEDLA, UDAPE, Biblioteca del Banco Central, INE; Etnográfica: CIPCA, MUSEF, CEDOIN y el THOA y Género: CIDEM, CIDES, Centro Gregoria Apaza, Oficina Jurídica de la Mujer y Centro Juana Azurduy, de Sucre. Estos algunos de sus logros.

A partir del 2003, el PIEB comenzó a implementar una estrategia de acción de mayor impacto. El Programa retornó a las regiones donde había lanzado convocatorias para transferir su experiencia a instituciones e investigadores, motivándoles a asumir un rol protagónico en el desarrollo de la investigación regional. En ese marco, hasta junio de 2005 se han lanzado ocho convocatorias regionales, y ejecutado 28 proyectos de investigación, formación y difusión.