A través de la Formación, el PIEB busca otorgar a los profesionales e investigadores jóvenes instrumentos teórico-metodológicos para que realicen trabajos de investigación con calidad académica en el campo de las ciencias sociales. El Programa combina el apoyo a la realización de investigaciones con la formación y capacitación de investigadores jóvenes, bajo la lógica de "Investigar formando y Formar investigando".

El PIEB desarrolla experiencias de investigación con los jóvenes en cada equipo ganador de las convocatorias, talleres de fortalecimiento metodológico para resolver problemas con los que se enfrentan los investigadores junior, y ofrece cursos dirigidos a profesionales para la formulación de proyectos de investigación en ciencias sociales.

Los resultados obtenidos a la fecha son: 347 investigadores actualizaron sus conocimientos (214 en convocatorias nacionales y 133 en las regionales); 25 talleres de fortalecimiento metodológico (equipos ganadores); 14 cursos de formulación de proyectos de investigación (dirigido a profesionales externos al PIEB). El Programa de Investigación Estratégica en Bolivia ayudó a que exbecarios del PIEB continúen estudios superiores, concluyan tesis, se inserten como docentes en universidades públicas y privadas e incorporen a organismos de Cooperación Internacional, ONGs y dependencias del Estado.